---
title: \vspace{6.5cm} Možnosti Markdown 
subtitle: Fakultní nemocnice Ostrava
author: \vspace{5.5cm} Lubomír Pavliska
geometry: "left=2cm,right=2cm,top=2cm,bottom=2cm"
date: \vspace{8.5cm} `r Sys.Date()`
output:
  pdf_document:
    df_print: kable
    highlight: tango
    keep_tex: yes               # pozice obrázku
    latex_engine: pdflatex
    toc: true
    toc_depth: 4
    number_sections: true
    fig_caption: yes
  word_document: default
lang: "cs-CZ"
documentclass: article
bibliography: Reference.bib
link-citations: true
header-includes:
- \usepackage{caption}                 # popisy obrátků a tabulek
- \usepackage[utf8]{inputenc}
- \linespread{1.25}
- \usepackage{makeidx}
- \makeindex
- \usepackage{float}                   # pozice obrázku
- \floatplacement{figure}{H}           # pozice obrázku
---


```{r global_options, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(fig.pos = 'H')    # pozice obrázku
GraphPath <- "Path/"

```

\newpage

```{r Loadovani_dat,echo=FALSE,message=FALSE,warning=FALSE}
library(knitr)
library(kableExtra)
library(dplyr)
library(formattable)
library(ggplot2)
dt <- mtcars[1:5, 1:6]
```

# R Markdown

## Účel prostředí

Vytvářením dynamických dokumentů je završení jedinečných možností statistické analýzy dat prostředím R-project^c^[^1]. Může mít rozličné formy podle účelu prezentace výsledků. Od procesu výuky, tvorba přednášek a manuálů, přes prezentace výsledků ne konferencích až po náročné reporty, publikace a dokumentace výsledků projektů vědecké činnosti.  Odkazy fungují i n dokumentu [_Příklady_](#Priklady) 

## Ukázky možností Markdown

Minimální ukázka možností **R-project** knihoven **markdown**  a  **knitr** pro vytvoření dokumentu v _HTML_ a _PDF_ pomocí nástrojů _RStudio_.

[^1]: Open Source komponenty [@R-cookbook],[@R-knitr],[@R-statistics],[@R-graphics] zahrnuté v systému statistických knihoven [@R-project]

## Inicializace prostředí

```{r setup}
# set global chunk options: images will be 7x5 inches
knitr::opts_chunk$set(fig.width=7, fig.height=5)
#options(digits = 4)
#knitr::opts_chunk$set(dev = c('pdf','png'), 
#        fig.align = 'center', fig.height = 8, fig.width = 7,      #, 
#        pdf.options(encoding = "CP1250")) 
```


## Příklady matematických výrazů a rovnic

### Psaní zlomků:
`$\frac{2}{3}$` $$\frac{2}{3}$$ 

### Matematické výrazy řeckou abecedou:
`$\hat{\lambda}=1.02$` $$\hat{\lambda}=1.02$$
`$\sqrt{4}=2$` $$\sqrt{4}=2$$
`$\alpha, \beta,  \gamma, \Gamma, \pi$` 
$$\alpha, \beta,  \gamma, \Gamma, \pi$$
`$a \pm b$`
$$a \pm b$$
`$x \ge 15$`
$$x \ge 15$$
`$a_i \ge 0~~~\forall i$`
$$a_i \ge 0~~~\forall i$$




### Psaní matic

`$A_{m,n} =
 \begin{pmatrix}
  a_{1,1} & a_{1,2} & \cdots & a_{1,n} \\
  a_{2,1} & a_{2,2} & \cdots & a_{2,n} \\
  \vdots  & \vdots  & \ddots & \vdots  \\
  a_{m,1} & a_{m,2} & \cdots & a_{m,n}
 \end{pmatrix}$`
 
$$A_{m,n} =
 \begin{pmatrix}
  a_{1,1} & a_{1,2} & \cdots & a_{1,n} \\
  a_{2,1} & a_{2,2} & \cdots & a_{2,n} \\
  \vdots  & \vdots  & \ddots & \vdots  \\
  a_{m,1} & a_{m,2} & \cdots & a_{m,n}
 \end{pmatrix}$$

## Něco ze statistiky

### Binomická pravděpodobnost: 

`$$f(y|N,p) = \frac{N!}{y!(N-y)!}\cdot p^y \cdot (1-p)^{N-y} = {{N}\choose{y}} \cdot p^y \cdot (1-p)^{N-y}$$`

$$f(y|N,p) = \frac{N!}{y!(N-y)!}\cdot p^y \cdot (1-p)^{N-y} = {{N}\choose{y}} \cdot p^y \cdot (1-p)^{N-y}$$

Pro výpočet **průměru** z \textit{n} vzorků proměnné \textit{x}: 
`$$\bar{x} = \frac{1}{n} \sum_{i=1}^{n}x_{i}$$` $$\bar{x} = \frac{1}{n} \sum_{i=1}^{n}x_{i}$$ 

Rovnice a výrazy můžeme používat i v řádkovém režimu e.g., $\bar{x} = \frac{1}{n} \sum_{i=1}^{n}x_{i}$.

### Podobný případ pro rovnici  **odchylky**.  

$\sigma^{2} = \frac{\sum\limits_{i=1}^{n} \left(x_{i} - \bar{x}\right)^{2}} {n-1}$.  
$$\sigma^{2} = \frac{\sum_{i=1}^{n} 
  \left(x_{i} - \bar{x}\right)^{2}}
  {n-1}$$
  
Obdobně na rovnici  **covariance**  v  _inline_ rovnice $cov_{x,y} = \frac{\sum\limits_{i=1}^{n}{(x_i-\overline{x}) \cdot (y_i-\overline{y})} }{n-1}$ nebo samostatně: $$cov_{x,y} = \frac{\sum\limits_{i=1}^{n}{(x_i-\overline{x}) \cdot (y_i-\overline{y})} }{n-1}$$
  
A konečně  **standardní odchylka**. _inline_ verze $\sigma = \sqrt{\frac{\sum\limits_{i=1}^{n} \left(x_{i} - \bar{x}\right)^{2}} {n-1}}$ nebo samostatně.
$$\sigma = \sqrt{\frac{\sum\limits_{i=1}^{n} \left(x_{i} - \bar{x}\right)^{2}} {n-1}}$$

### Příklady {#Priklady}

+ [__"https://rpubs.com/marschmi/RMarkdown"__](https://rpubs.com/marschmi/RMarkdown)

+ [__"http://visualmatheditor.equatheque.net/VisualMathEditor.html"__](http://visualmatheditor.equatheque.net/VisualMathEditor.html) 
+ [__"http://www.statpower.net/Content/310/R%20Stuff/SampleMarkdown.html"__](http://www.statpower.net/Content/310/R%20Stuff/SampleMarkdown.html).

### Referenční příručka

+ [__"https://www.rstudio.com/wp-content/uploads/2015/03/rmarkdown-reference.pdf"__](https://www.rstudio.com/wp-content/uploads/2015/03/rmarkdown-reference.pdf).

\newpage

# Kód R

Graficky přizpůsobí kód a výsledek ovládaný přes __echo=TRUE__ syntaxe ``` {r echo=TRUE} kod v řádcích ```

## Řádkové příkazy

```{r echo=TRUE}
x=1
x = x + 12
print(x)
x <- 1+1 # kalkulačka

rnorm(5)  # náhodná čísla

```

## Příklad __ggplot__
Na obrázku obr.: \ref{fig:fig01} je znázorněna závislost tabulky __mtcars__.

```{r fig01,echo=FALSE, fig.align = "center", fig.cap="\\label{fig:fig01}Mcars", out.extra='',out.width='90%', out.height='\\textheight',fig.pos="H"}
# Plot the relationship between weight and miles per gallon  
plot <- ggplot(mtcars, aes(x = wt, y = mpg)) + geom_point() + # 
  geom_smooth(method = "lm") + theme_bw() + # add linear model and make black and white
  xlab("Weight (1000lbs)") + ylab("Miles per Gallon") # Add axis labels
plot # Make the plot interactive
```

## Tabulky

### Pozice velikost písma pozice

#### Tabulka 1

```{r tab1, echo=TRUE,results = 'asis'}
kable(dt)%>%
kable_styling(latex_options = c("striped", "hold_position"))
```

#### Tabulka 2

```{r tab2, echo=TRUE,results = 'asis'}
kable(dt) %>%
  kable_styling(latex_options = c("striped", "hold_position"),font_size = 7)
```

#### Tabulka 3

```{r tab3, echo=TRUE,results = 'asis'}
dt %>%
knitr::kable("latex",escape = F,booktabs = T, caption = "Mtcars") %>%
  kable_styling(latex_options = c("striped", "hold_position"))
```

### Nastavení barvy písma

```{r tab5, echo=TRUE,results = 'asis'}
library(dplyr)
options(knitr.table.format = "latex") 
mtcars[1:10, 1:2] %>%
  mutate(
    car = row.names(.),
    mpg = cell_spec(mpg, "latex", color = ifelse(mpg > 20, "red", "blue")),
    cyl = cell_spec(cyl, "latex", color = "white", align = "c", angle = 45, 
                    background = factor(cyl, c(4, 6, 8), 
                                        c("#666666", "#999999", "#BBBBBB")))
  ) %>%
  select(car, mpg, cyl) %>%
  kable(format = "latex", escape = F) %>%
  kable_styling(latex_options = c("striped", "hold_position"), full_width = F)
```

### Pozadí písma

```{r tab6, echo=TRUE,results = 'asis'}
iris[1:10, ] %>%
  mutate_if(is.numeric, function(x) {
    cell_spec(x, bold = T, 
              color = spec_color(x, end = 0.9),
              font_size = spec_font_size(x))
  }) %>%
  mutate(Species = cell_spec(
    Species, color = "white", bold = T,
    background = spec_color(1:10, end = 0.9, option = "A", direction = -1)
  )) %>%
  kable(escape = F, align = "c", caption = "Barevné pozadí") %>%
  kable_styling(latex_options = c("striped", "hold_position"), full_width = F)
```

### Strukturované zobrazení

```{r tab80, echo=TRUE,results = 'asis'}
kable(dt, "latex") %>%
  kable_styling(latex_options = c("striped", "hold_position")) %>%
  add_header_above(c(" " = 1, "Group 1" = 2, "Group 2" = 2, "Group 3" = 2))
```

```{r tab81, echo=TRUE,results = 'asis'}
kable(dt, "latex") %>%
  kable_styling(c("striped", "bordered")) %>%
  add_header_above(c(" ", "Group 1" = 2, "Group 2" = 2, "Group 3" = 2)) %>%
  add_header_above(c(" ", "Group 4" = 4, "Group 5" = 2)) %>%
  add_header_above(c(" ", "Group 6" = 6))

```

```{r tab82, echo=TRUE,results = 'asis'}
kable(mtcars[1:10, 1:6], caption = "Skupiny v řádcích a sloupcích") %>%
  kable_styling(latex_options = c("striped", "hold_position")) %>%
  add_header_above(c(" ", "Group 1" = 2, "Group 2" = 2, "Group 3" = 2)) %>%
  add_header_above(c(" ", "Group 4" = 4, "Group 5" = 2)) %>%
  add_header_above(c(" ", "Group 6" = 6)) %>%
  group_rows("Group 1", 4, 7) %>%
  group_rows("Group 2", 8, 10)
```


\clearpage
\newpage

#Přílohy
\listoftables

\listoffigures


# Reference






